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始于1913年，当时北京农商部中央农业试验场成立植物病虫害科，由章祖纯主事。初创阶段的研究工作，大多为病害调查研究和病原真菌分布的记录。1916年章祖纯发表的“北京附近发生最盛之植物病害调查表”，为中国自志作物病害的第一篇调查报告。随后，各地植病工作者先后开展了有关地区或各类作物病害的调查，如邹秉文、邹钟琳于1918～1920年间发表的“中国病菌闻见录”；朱凤美1925年“中国植物病菌所见”，记载7省真菌82属245种至1916年，许多省设立了农事试验场，其中有的试验场设有病虫害课。1922年，江苏省昆虫局成立，后并入1931年成立的中央农业实验所，1933年该所建立病虫害系，负责全国植物病虫害的研究与防治工作，病害部分由朱凤美主持。
中央农业实验所吴昌济于1933～1935年间检查了全国23省麦种1022件，先后两次发表国内麦类黑穗病分布调查，明确麦类7种黑穗病及其分布。何畏冷于1935～1937年间三次发表广东果树病害汇志，记载各种果病83种。1932～1939年间戴芳澜发表了9篇《中国真菌杂录》。1945年8月抗日战争胜利后，中央农业实验所迁回南京，并在北平和吉林公主岭分别建立了北平农业试验场和东北农事试验场，都设有病虫害系病害研究室；大部分省级农业改进所、农事试验场也都恢复。1949年，以北平农业试验场为基础，成立了华北农业科学研究所；1957年在该所基础上扩大成立了中国农业科学院；原中央农业实验所改为华东农业科学研究所，以后又改建为江苏省农业科学院；原东北农事试验场则改建为吉林省农业科学院，各省市自治区也相继成立农业科学研究院，大多数成立植物保护研究所，从事病、虫、草和药剂的研究工作。1952年农业院校调整以后，各农业院校均积极参与病虫杂草防治以及农药的研究；为开展全国性和地方性病虫害的研究、防治工作，有些农业院校还建立与病害有关的研究室和研究所。中国农业科学院于1957年成立了植物保护研究所，于1980年成立了生物防治研究室，该院的品种资源研究所和情报所等也配合从事有关植物病害研究和资料工作。中国农业科学院还在全国主产区设立相应的专业研究所，如中国水稻研究所、棉花研究所、烟草研究所、甘薯研究所和马铃薯研究所等，也分别研究农作物病害。1953年在中国科学院植物所内设真菌植病研究室，1956年中国科学院成立应用真菌研究所。1958年中国科学院成立微生物研究所，撤销应用真菌研究所，内设真菌分类学研究室。
植物病理学学科发展最早的是真菌学。戴芳澜去世后，1976年由其学生整理的巨著《中国真菌总汇》（1979年科学出版社出版），列举中国真菌7000余种，是中国真菌分类的大型参考书。1933年，中央研究院增设动植物研究所，设有植物病理研究室，由邓叔群主持。1939年，中央研究院动植物研究所出版邓叔群《中国高等真菌志》，记载1391种，其中3个新属，116个新变种，1940年又出版该著作补志，26属46个种。1963年中国科学院出版邓叔群的《中国的真菌》是其一生真菌学研究的总结。从20世纪20年代开始的病害调查，发展到将于近期（1994年）完成的二十多卷的《中国真菌志》，从一个方面反映中国真菌学的研究水平。中国真菌学会于1980年成立，出版《真菌学报》。真菌病害的种类多，危害性大，许多是中国研究的主要的对象，如禾谷类的锈病、黑粉病、白粉病，水稻的稻瘟病，纹枯病，棉花的枯萎病和黄萎病，多种作物的霜霉病，炭疽病，以及多种腐霉属、疫霉属和镰刀属真菌引起的病害。
中国细菌病害和病毒病的研究起步较迟。俞大绂教授于1936年发表的蚕豆茎腐病是首次发表的细菌病害，1950年以后在俞大绂教授指导下，经过四十多年的工作，方中达和任欣正于1993年完成《中国植物细菌病害志》，列举中国细菌病害百余种，其中有些是中国发现和报道的新种。植物细菌病害在中国研究最多的是水稻白叶枯病和条斑病，各种植物的青枯病，冠瘿病和柑桔溃疡病，大白菜软腐病和马铃薯软腐病等。植物病毒病在中国最早研究报道的是俞大绂教授于1939年发表的“蚕豆温性花叶病”。从50年代开始，全国各地都开展病毒病的研究，其中研究最多的有大豆和蚕豆等豆科植物病毒病，水稻和小麦的多种病毒病，大麦的病毒病，马铃薯病毒病以及各种蔬菜和果树的病毒病。90年代初以来，类病毒病的研究也有一定的进展。同时，新发展的一些学科如病害的生物防治，生物技术，从细胞水平和分子水平研究植物病害问题，也都取得进展。自80年代中期以来，中国对支原体及支原体病害也开展了大量调查研究，据初步统计，中国植物支原体病害已发现50多种，有的支原体病害如桑萎缩病、枣疯病、泡桐丛枝病等，已是生产上亟待解决的严重问题。此外，螺原体的研究也逐渐开展。对植物线虫及线虫病害，开展了全国普查，研究工作有新发展，其中松材线虫的发现和实施检疫，对保护松木做出了贡献。对大豆胞囊线虫，甘薯茎线虫以及根结线虫，也进行了大量的研究。至90年代初，几乎对植物病原线虫的主要类群都有人进行研究，报道了不少新种。
中国早期病害的防治，主要是以麦类黑穗病为主。1919年，邹秉文在南京近郊指导农民用温汤浸种防治麦类黑穗病。从1925～1929年金陵大学推广系在河南、河北、山东、江苏、安徽省推广碳酸铜拌种防治大麦、高粱及粟的黑穗病，防治面积达39400多亩，深受农民欢迎。1929～1933年，俞大绂等发表研究大麦条纹病、坚黑穗病研究成果，用有机汞粉剂和碳酸铜粉处理种子。1935年，清华大学农业研究所植物病理研究室由戴芳澜主持，1937年内迁昆明后，俞大绂，周家炽，裘维蕃，相望年，王焕如，方中达等十余人先后在此工作。除戴芳澜主持的真菌学的研究外，俞大绂领导麦类三种锈病，杆黑粉病和腥黑穗病生理分化的抗病育种工作，以及蚕豆病害的研究，部分内容发表于1945年的美国植物病理学报。中央农业实验所迁回南京后仍由朱凤美主持病害工作，防治方面主要是推广碳酸铜粉防治黑穗病和应用线虫汰除器防治小麦粒线虫病。1940～1945年，朱凤美发表多年来系统研究小麦线虫病结果，被公认朱氏所创建的线虫病麦汰除机防效最佳。
1950年以后，随着农业生产的恢复和发展，中国对主要作物病害的研究和防治，取得了不少成果和经验，最突出的是抗病育种工作受到重视，植物病理工作者与育种工作者的密切配合取得显著成绩，诸如小麦条锈病抗性和生理小种的检测，水稻抗白叶枯病、稻瘟病和纹枯病品种的育成和推广，棉花抗枯萎和耐黄萎品种的育成，都处于世界领先地位。抗病育种工作的发展，也带动了其他学科。由此中国的植物病害防治工作，从早期的种子处理，到后来推广的大田喷药，发展到充分利用抗病品种。时至今日，与农民谈论病害防治要求时，大都提出希望能提供抗病品种。另一个趋势是认识到病害的防治应以作物的生产为主体，应该注意其防治的经济效益，唯有这样才能为广大农民所接受。这样，也就促使植物病理工作者认识到哪些防治方法是可行的，哪些方法是难于推广的。这就是我们常说的群众路线，对中国植物病理学的发展起着不可估量的作用。
由于建立了较完整的教育、科研和技术推广系统，针对中国农业生产上的重大病害问题，组织各方面的力量，进行系统的研究和防治，取得明显的成就。在60年代，一度严重危害的如小麦条锈病，杆锈病和白粉病，苹果的腐烂病和炭疽病，棉花的枯萎病，黄萎病和苗期病害，水稻的白叶枯病和细菌性条斑病和纹枯病，水稻的病毒病以及甘薯的黑斑病等，大都得到控制其危害。有些病害如小麦的粒线虫病和许多黑粉病已经在大部分地区消灭。
1978年底以来，农林部先后恢复了植物保护局、植物检疫实验所、农药检定所，增设病虫测报站；各省地县也相应建立健全了植保组织机构；1982年改建的全国植保总站（含全国病虫测报总站）掌管全国植物病虫害防治工作。据1989年统计，全国各省市都建立了植保站（或植保植检站），属省级站为40个，计划单列市与地区级站313个，县站1929个，拥有各级植保技术人员2.4万余人。1970年在科研和教学方面的植保机构也均大为加强，相应地充实了植病部分。
中国是地少人多的国家，如何在现有耕地的基础上，进一步提高农产品的产量和质量，赋于植物病理学方面的任务还是很艰巨的。进入90年代后，国际上对植物病理学的发展和前途展开的讨论，认为植物病理学作为一门应用科学，除加强基础理论研究外，应该投入更大的力量，防治当前和未来可能发生的病害，以保障农业生产，提高产量和质量。中国作为一个发展中国家，在农业现代化的过程中，更应该注意到这一点。
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